針灸學起源中國，具有悠久的歷史。傳說針灸起源于三皇五帝時期，相傳伏羲發明了針灸，他"嘗百藥而制九針"(東漢醫學家皇甫謐記載于《帝王世紀》)。而據古代文獻《山海經》和《內經》，有用"石篯"刺破癰腫的記載，以及《孟子》:"七年之病，求三年之艾"的說法，再根據如今在我國各地所挖出的歷史文物來考證，"針灸療法"的起源就在石器時代。當時人們發生某些病痛或不適的時候，不自覺地用手按摩、捶拍，以至用尖銳的石器按壓疼痛不適的部位，而使原有的癥狀減輕或消失，早的針具:砭石也之而生。隨著古人智慧和社會生產力的不斷發展，針具逐漸發展成青銅針、鐵針、金針、銀針，直到如今用的不銹鋼針。

相傳，華夏文明的始祖伏羲是中醫針灸的發明人。伏羲氏不僅畫八卦，結繩為網，教民田獵，而且"嘗百藥而制九針"(東漢皇甫謐記載于《帝王世紀》)、"嘗草制砭"(南宋羅泌記載于《路史》)。砭就是砭石，即華夏民族早的針灸。灸法的起源與火的發現和使用有著密切的關系，當身體有某種不適時，用火去烘烤得以減輕，繼而用各種樹枝作為施灸工具，逐漸發展到艾灸。

針灸治療方法是在漫長的歷史過程中形成的，其學術思想也隨著臨床醫學經驗的積累漸漸完善。1973年長沙馬王堆三號墓出土的醫學帛書中有《足臂十一脈灸經》和《陰陽十一脈灸經》，論述了十一條脈的循行分布、病候表現和灸法治療等，已形成了完整的經絡系統。

《黃帝內經》是現存的中醫文獻中早而且完整的中醫經典著作，已經形成了完整的經絡系統，即有十二經脈、十五絡脈、十二經筋、十二經別以及與經脈系統相關的標本、根結、氣街、四海等，并對腧穴、針灸方法、針刺適應癥和禁忌癥等也做了詳細的論述，尤其是《靈樞經》所記載的針灸理論更為豐富而系統，所以《靈樞》是針灸學術的次總結，其主要內容至今仍是針灸濱核心內容，故《靈樞》稱為《針經》。繼《內經》之后，戰國時代的神醫扁鵲所著《難經》對針灸學說進行了補充和完善。

晉代醫學家皇甫謐潛心鉆研《內經》等著作，撰寫成《針灸甲乙經》，書中全面論述了臟腑經絡學說，發展并確定了349個穴位，并對其位置、主治、操作進行了論述，同時介紹了針灸方法及常見病的治療，是針灸學術的第二次總結。